Ao entrar no Plugin Manager encontrei um plugin chamado Compare, desenvolvido por Ty Landercasper e agora mantido por Jean-Sebastien Leroy.
Para instalar o compare extension siga os passos abaixo:
Clique em Plugins -> Plugin Manager -> Show Plugin Manager

Escolha a extensão: Compare

Selecione Compare
Clique Install
Restart Notepad++
Após a instalação siga os passos abaixo para utilizar o compare extension.
Abra os dois arquivos dentro do Notepad++

Para compara-los clique: Plugins -> Compare -> Compare

Créditos: Mario C. Ponciano a.k.a Razec